2025 分子动力学引擎基准评测报告
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本报告在同一硬件平台（双路 EPYC 9354 + 8 × RTX 4090，CUDA 12.4）上完成三类主流分子动力学引擎的横向评测。评测体系覆盖纯水盒子、蛋白-配体复合物、脂质双层膜、糖蛋白、无序蛋白与核酸-蛋白复合物共 6 类，累计 42 组生产任务，单组任务模拟时长均不低于 200 ns。
在蛋白-配体复合物体系（约 4.7 万原子）中，SPONGE 借助多 GPU 并行与约束求解器优化，取得了 312 ns/天 的单卡吞吐成绩；GROMACS 与 AMBER 在同一体系下分别录得 286 ns/天 与 241 ns/天。多卡扩展性方面，SPONGE 在 4 卡配置下保持 81% 的并行效率，详细扩展曲线见报告第三章。
除吞吐量外，报告还统计了 500 ns 长时程任务中的能量漂移、温度与压力控制波动，以及约束算法精度（RMSD of constraints），用于评估各引擎在产线环境下的数值稳定性。
完整内容付费解锁 · 7 章 · 52 页
目录 CONTENTS
- 第一章 评测环境与方法论
- 第二章 单卡吞吐量对比（6 类体系）
- 第三章 多 GPU 扩展性与并行效率
- 第四章 精度验证：能量守恒与约束求解
- 第五章 长时程稳定性统计（500 ns）
- 第六章 选型建议与成本模型
- 附录 输入文件模板与复现脚本