增强采样方法实战手册:从元动力学到 REST2
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常规分子动力学在处理构象变化、结合-解离等慢事件时常常受限于采样效率。本手册按「事件时间尺度 → 方法族 → 参数惯例」的决策路径组织内容,帮助团队在项目初期快速锁定合适的增强采样策略,避免在方法选型上反复试错。
手册对比了五类主流方法在小分子结合自由能、蛋白构象切换、环区采样三类典型问题上的表现,并结合 Mokda 工作流中的任务模板给出可直接复用的配置片段。
第二章给出的「采样方法选择树」已被多个产线团队用于立项评审:从目标事件的时间尺度与坐标可观测性出发,三步定位候选方法及其替代方案。
完整内容付费解锁 · 7 章 · 36 页
目录 CONTENTS
- 第一章 为什么需要增强采样
- 第二章 采样方法选择树
- 第三章 元动力学(Well-MetaD)参数惯例
- 第四章 REST2 与回火族的副本策略
- 第五章 伞形采样与 WHAM 重加权
- 第六章 12 个生产级配置模板
- 第七章 常见失败模式与排查清单